朱元璋死后，給后人留下了兩個(gè)謎團(tuán)，其一是朱元璋準(zhǔn)確的死亡時(shí)間，其二是死后到底葬在了何處，這兩個(gè)問(wèn)題至今仍沒(méi)有定論。

有關(guān)朱元璋的死亡準(zhǔn)確時(shí)間，有各種說(shuō)法，一是洪武三十一年(1398年)閏五月初九，一說(shuō)是閏五月初五，還有說(shuō)是閏五月初七。就連《明史·惠帝本紀(jì)》也是這樣記載：“三十一年閏五月太祖崩。”只是說(shuō)朱元璋是閏五月死的，而哪一天沒(méi)說(shuō)。

至于朱元璋是哪一天死的倒顯得不是那么重要，即便不知哪一天，至少還能鎖定在閏五月的那幾天里面。而朱元璋的下葬地卻也撲朔迷離，這讓人大為不解。

在南京的民間，廣為流傳著這樣的傳說(shuō)，朱元璋下葬那天出現(xiàn)了“迷魂陣”，就是南京的十三個(gè)城門同時(shí)出殯。此說(shuō)法史書有記載，朱國(guó)楨的《皇明大政記》稱，朱元璋下葬那天“而發(fā)引，各門下葬”。

在民間，有錢的大戶人家，為了干擾視聽(tīng)，防止有人盜墓，有意隱藏先人埋葬地點(diǎn)，而一個(gè)皇帝如此這般，實(shí)在令人不解。在元朝，帝王無(wú)陵寢，搞搞迷魂陣倒也合乎情理，既然朱元璋生前都為自己找好了地方，選擇紫金山陽(yáng)的地塊筑陵，誰(shuí)不知道他葬在那里，有必要擺迷魂陣，大造假象嗎？

原來(lái)，在朱元璋下葬后不久，便傳出朱元璋不是葬在孝陵，而是獨(dú)葬在朝天宮，就是今天南京王府大街向南千米右手旁邊的朝天宮，具體地點(diǎn)是“世傳三清殿下為明祖真葬處”。

在前人的文字中同樣可以找出這方面的記載，清代浙東學(xué)派代表人物全祖望的《從朝天宮謁孝陵》稱：“終阜衣冠是與非，朝天弓箭更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見(jiàn)神功圣德碑。開(kāi)國(guó)諒無(wú)慚漢祖，嗣孫底是學(xué)曹丕。當(dāng)年可笑山陵使，亂命何人為弼違?！边@里說(shuō)的很清楚了，明孝陵僅是朱元璋的衣冠冢，而真正陰間“睡覺(jué)”的地方在“宮”(朝天宮)。

民間還有一個(gè)說(shuō)法，來(lái)驗(yàn)證這個(gè)觀點(diǎn)。據(jù)說(shuō)當(dāng)年孝陵內(nèi)每到夜里就傳出一個(gè)婦人的哭聲，原來(lái)這是馬皇后的哭聲，后來(lái)搞了法事才平靜下來(lái)。馬皇后為什么要哭？據(jù)說(shuō)是一人空守一座孤墳，悲傷所致，“后來(lái)孝陵傳夜哭，應(yīng)緣馬后悲孤獨(dú)”，即是這個(gè)說(shuō)法。

清代文人甘熙就不認(rèn)可這個(gè)說(shuō)法，其所著的《白下瑣言》稱，朱元璋花了幾百萬(wàn)的銀子，造了十幾年，總不應(yīng)該為馬皇后一個(gè)人造的吧。而且朱允炆是很講孝道的一個(gè)仁義皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。

后來(lái)又傳出，朱元璋不是葬在孝陵，也非朝天宮，而是離開(kāi)了南京城，選葬在北京的萬(wàn)歲山。后經(jīng)考證，這是以訛傳訛，不可信。

但朱元璋到底是否真的葬在孝陵內(nèi)，現(xiàn)在并沒(méi)有學(xué)者能說(shuō)“一定”二字。在明孝陵“申遺”之前，中山陵園管理局曾專門請(qǐng)南京大學(xué)等相關(guān)的技術(shù)、史學(xué)家，經(jīng)數(shù)年科學(xué)探測(cè)、考古，證明明孝陵未曾被盜，完好無(wú)損。

1998年開(kāi)始，江蘇省地震局地震工程研究院的專家在寶城內(nèi)，采用無(wú)損磁測(cè)法(GpM技術(shù))，已經(jīng)明確發(fā)現(xiàn)在寶頂?shù)叵律钐幱幸粋€(gè)面積達(dá)數(shù)千平方米的建筑空間，而且還找到了進(jìn)入這個(gè)空間長(zhǎng)達(dá)百米的通道走向和入口，無(wú)疑寶頂下存在的這個(gè)巨大建筑空間只能是明孝陵的地宮，而地宮的入口就在明樓東側(cè)十幾米處的寶城城墻下面。

但這并不能證明朱元璋的尸骨就在地宮中，真相恐怕只有等到開(kāi)挖明孝陵的那一天才能最終揭開(kāi)。也就是說(shuō)，朱元璋到底葬在那里，在相當(dāng)長(zhǎng)一段時(shí)間內(nèi)，仍將是一個(gè)謎。