20世紀70年代中期，有研究發現，當氯和未經處理的水中有機物物質起化學反應時，會生成氯仿這類有害的副產物。美國一癌癥研究所通過對動物的研究又證明氯仿可能致癌，進而又有人提出飲用用氯消毒的自來水與膀胱、結腸和直腸癌的高發病有關聯。
為此，美國及歐盟等國在數年前就開如制定有關限氯標準，以減少飲用水中副產物的含量，對三囪甲烷（如氯仿）限制是每立升80毫克；對其溴化鹽和囪乙酸等可能有害的副產物含量也作了限制。有的國家環保部門，還規定自來不加氯消毒前，必須消除水中的活性有機化合物等等。
但對減少氯消毒副產物的措施，一些科學家提出了擔心：如各地水源善的差異，水中有機物成分含量有較大差別，加氯消毒所生的副產物含量也可能差別極大，加氯多了有害，加少了將會降低消毒效果，對健康同樣不利，標準實難掌握。還有人指出，加氯消毒的副產物還有不少未知數，如溴化三囪甲烷，比人們了解得較多的三囪甲烷（如氯仿）毒性更大，當減少了三囪甲烷副產物的總含量有可能改變化學物的平衡關系，最終反而會使那些最令人擔心的物質的含量增大。甚至有科學家對氯致癌論的一些研究方法提出質疑，如：雖加氯水中的某些溴化副產物會使實驗室的大鼠患癌；但是同樣的化學物卻未使小鼠患癌；另外，實驗室的動物所吸收的量一般是人從飲水中吸收量的幾千倍，且在實驗室中對化學的副產物是逐個地分開研究，而不明把它混合在一起。
對加氯會致癌的過度的“宣傳”確給人們帶來了種種擔憂，但也有科學家認為，人們大可不必談“氯”色變。事實是，如今仍沒有比加氯消毒的方法更好的措施了，科學家已試行過其它凈化水方法，如紫外線消毒、臭氧處理水技術等，但不是花錢過多，就是效果不理想。而加氯消毒不僅成本低兼，操作方面，更重要的是效果好。
英國科學家約翰。法韋爾強調了飲水繼續加氯的重要性，他列舉了英國過去50年間發生的10次飲水造成傳染病的疫情，指出有8次是加氯消毒不良所致，他說：“你能十分肯定的點是，喝經過加氯消毒的水比喝未經處理的水危險小。”所以，只要符合飲水安全標準的加氯自來水，人們應該放心地喝，要知道，放棄加氯消毒可能鑄成大錯，秘魯疫情的蔓延可說就是一個教訓。
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